施工方与建设方在备案合同之外，另行签订的施工合同(协议)等，在结算时，若该另行签订的合同(协议)与经过备案的中标合同的实质内容不一致的，应当以哪份合同作为结算的依据。
涉及建设工程施工合同当事人签订的所谓“黑白合同”问题，即备案中标合同(即白合同)与另行签订的“补充协议”或“施工合同”等形式的合同(即黑合同)对结算的约定不一致而产生争议如何处理。司法解释出台前，各地法院针对黑白合同在结算时如何认定存在争议，而目前实践中需执行该司法解释的规定。在执行中还存在问题待明确：
一、黑合同是否当然无效，以及关于结算“实质性内容”的范围。应当注意到司法解释并未直接规定“黑合同”为无效合同，仅在涉及工程款结算依据存在争议时，规定以中标备案合同为依据。实践中，承包方起诉支付工程欠款时，与发包方往往对合同效力不持异议，按照不告不理的原则，法院也不必主动去认定合同效力问题，仅需确定按照哪一份合同作为结算的依据。涉及黑白合同“实质性内容不一致”的，这个“实质性内容”的范围如何确定?根据《招标投标法》的规定，一般认为合同的实质性内容是指投标人的报价、招标方式、技术规格等涉及合同主要事项的条款;《合同法》第十二条规定了合同当事人在合同中一般约定的条款内容，但并未明确规定实质性条款。实践中，施工合同的实质性内容一般是指影响或者决定当事人基本权利与义务的条款，如工程价款、计价方式、工程质量、工程期限。
二、需要区分在中标备案合同之外另行签订的协议是属于与备案合同不一致的“黑合同”，还是属于正常的合同变更。这里的合同变更属狭义的，仅指合同内容的变更，不包括主体的变更。《合同法》明确了合同当事人协商一致对合同内容可以作出变更。实践中，不涉及合同实质性内容的变更形成的协议，就不属“黑合同”;涉及实质性内容的，也应根据合同履行的实际状况、具体细节来认定;如工程价款有微调，工期有延期、一些分项目有调整等，这些调整跟工程项目的实际情况有关，一般工程施工中发生的设计变更、工程量增减、诸多原因的工期变更等，在实际施工中因客观原因导致的签证、技术核定等发生的对原备案合同内容的变更就不属“黑合同”;故，是否属于对实质性内容变更的“黑合同”还不能一概而论，应根据工程施工的具体情况来作出具体的分析，应当把握合同当事人的合同变更权利不被不合理的限制和排除，又应当考量合同当事人是否通过签订黑合同搞不正当竞争来损害国家、社会公共利益和他人的合法利益，这又成为法官的自由裁量权范围了。
三、存在黑白合同不一致按白合同结算的规定，应当有个前提，就是这个备案的合同是通过招标投标方式形成的中标合同;没有经过招标投标形成的合同即或也备案了，但不符合司法解释第二十一条之规定。这里还需注意的是，备案程序不是合同生效的条件，属行政监管手段，并在出现多个合同版本时，备案合同有利于维护交易秩序和交易规则。
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