自然人转让股权，如何计征个人所得税？应按以下方法确定：
(1) 国家税务总局《股权转让所得个人所得税管理办法（试行）》规定，个人转让股权，以股权转让收入减除股权原值和合理费用后的余额为应纳税所得额，按“财产转让所得”缴纳个人所得税。合理费用是指股权转让时按照规定支付的有关税费。海南省公布的《自然人股权转让个人所得税管理办法（试行）》（2014 年第 16 号）同时规定，申报的股权转让收入低于计税成本和合理税费之和的，应纳税所得额为零。
(2) 股权计税成本，是指自然人投资人股时向企业实际交付的出资金额，或购买该项股权时向该股权的原转让人实际支付的股权转让金额。
自然人转让部分股权的，转让股权的计税成本按转让比例确定。即：转让股权的计税成本=全部股权的计税成本×转让比例纳税义务人未提供完整、准确的财产原值凭证，不能正确计算财产原值的，由主管税务机关核定其财产原值。
(3) 自然人转让股权应缴纳的个人所得税按照“财产转让所得”项目缴税，适用 20%的比例税率。即：
股权转让所得应纳个人所得税额=股权转让应纳税所得额×20%
值得注意的是，个人转让上市公司股票取得的所得暂免征收个人所得税。
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